سال 1327 میلادی است. بعضی از اعضای فرقه قدیس فرانسیس در یکی از صومعه‌های ثروتمند ایتالیا متهم به بدعت و ارتداد شده‌اند و برادر ویلیام اهل باسکرویل، کشیشی انگلیسی برای اعلام مواضع امپراطور لوئی باواریایی در منازعه میان پاپ و فرقه به آنجا اعزام شده است. ماموریت برادر ویلیام ناگهان تحت‌الشعاع رشته‌ای از جنایات عجیب و غریب قرار می‌گیرد و او با سوابق و تجاربی که در دستگاه تفتیش کلیسا اندوخته، مثل یک کارآگاه دست به کار می‌شود. ابزارهای او در این تحقیقات عبارتند از: منطق ارسطو، الهیات توماس آکویناس و شناخت تجربی راجر بیکن که طنزی شیطنت‌آمیز و نوعی کنجکاوی بی‌امان آن را صیقل داده و برنده کرده است. ویلیام به گردآوری شواهد و رمزگشایی نمادهای سری و نسخ خطی پر رمز و راز مشغول می‌شود و در دل هزارتوی خوف‌انگیز صومعه کندوکاو می‌کند. صومعه‌ای که جالب‌ترین حوادث شب‌ها در آن اتفاق می‌افتد. (برگرفته از توضیحات پشت جلد کتاب)

داستان با این جملات آغاز می‌شود:
"در آغاز کلام بود و کلام با خدا بود و کلام خدا بود. این آغاز با خدا بود و وظیفه‌ی هر راهب مومن این است که هر روز با فروتنی حادثه‌ای مجرد و تفسیرناپذیر را با نغمه‌سرایی تکرار کند. حادثه‌ای را که حقیقت انکارناپذیرش را می‌توان تایید کرد. اما ما حالا حقیقت را از پشت شیشه‌ای تیره می‌بینیم. پیش از آن که حقیقت به قلب همه الهام شود و رویارو آن را بی‌پرده و آشکار ببینیم، آن را بصورت قطعاتی مجزا مشاهده می‌کنیم (افسوس که تا چه اندازه این اجزا مبهم هستند). ما آنها را در خطییه‌ی جهان می‌بینیم. پس باید علایم وفاداری به آنها را آشکار سازیم اگر چه به نظر مبهم جلوه می‌کنند و ظاهرا با اراده‌ای که تماما میل به شر دارد سرشته شده‌اند.
حال که به پایان عمر پر از گناه خود نزدیک می‌شوم، مویم سفید است و من هم مانند جهان پیر می‌شوم و در انتظار گم شدن در گودال بی‌انتهای سکوت و الوهیت رها شده می‌باشم تا در نور هشیاری فرشتگان شریک شوم، حال که با بدن سنگین و بیمار در حجره‌ای در دیر عزیز ملک می‌باشم، حاضرم تا بر این طومار گواهی خود را درباره‌ی حوادث عجیب و مخوفی که از نظرم گذشته است، به رشته تحریر در آورم ... "