پدر هک، به طمع بدست آوردن ثروتی که تام و هک به آن رسیده‌اند (داستان رسیدن به این ثروت در "ماجراهای تام سایر" آمده است) هک را که نزد یک خانم آبرومند به فرزندی قبول شده با خود می‌برد تا با او در کلبه‌ای درب و داغان در کنار رود می‌سی‌سی‌پی زندگی کند.
هک اما نمی‌تواند زندگی با پدر همواره مستش را تحمل کند بنابراین با استفاده از قایقی که برای چنین روزهایی در جایی مخفی کرده، می‌گریزد و به جزیره‌ای می‌رود. در آنجا با جیم روبرو می‌شود. جیم که یک برده فراری است به خاطر بدرفتاری صاحبانش از نزد آنها فرار کرده است. آنها تصمیم می‌گیرند با یکدیگر به فرار ادامه بدهند و به سرزمینی بروند که در آنجا سیاه‌پوستانی چون جیم اجازه داشته باشند آزاد زندگی کنند. آنها سفر خود را آغاز می‌کنند اما در طول سفر با ماجراها و افراد مختلفی روبرو می‌شوند که رسیدن‌شان را به مقصد نهایی با مشکل مواجه می‌کند ...

داستان با این جملات آغاز می‌شود:
"شما مرا نمی‌شناسید، مگر اینکه کتاب "سرگذشت تام سایر" را خوانده باشید، ولی اشکالی ندارد. آن کتاب را آقای مارک توین نوشته بود و بیشترش هم راست گفته بود. بعضی چیزها را چاخان کرده بود، ولی بیشترش راست بود. عیبی هم ندارد. همه آدمهائی که من دیده‌ام بالاخره یک وقت دروغ هم می‌گویند، غیر از خاله پولی، یا بیوه دوگلاس، یا شاید هم ماری. خاله پولی - یعنی البته خاله تام - و ماری و بیوه دوگلاس، نقلشان تماما تو آن کتاب آمده، که همان‌طور که گفتم راست است، منتها بعضی جاهایش را نویسنده چاخان کرده.
اما آخر آن کتاب این جور تمام می‌شود که من و تام، پولی را که دزدها توی غار قایم کرده بودند پیدا می‌کنیم و پولدار می‌شویم. هر کدام شش هزار دلار طلای ناب گیرمان می‌آید.
وقتی که دلارها را یکجا کپه کردند یک عالمه پول بود. اما خوب، قاضی تچر همه را برداشت داد به نزول، در تمام سال هر کدام ما روزی یک دلار گیرمان می‌آمد. آدم نمی‌دانست با این همه پول چکار بکند. بیوه دوگلاس مرا به فرزندی خودش برداشت و گفت که مرا تربیت می‌کند، اما زندگی کردن تو خانه او مکافات بود …"