رشته ارتباطی که وقایع این کتاب حسرت‌بار، و گهگاه شورانگیز را به هم می‌پیوندد خاطرات کودکی است آزاردیده از اصل و نسب دوگانه‌ی خویش، کودکی که در دو جهان متخاصم ریشه دارد. پسر سفیدپوستان، بزرگ شده نزد سرخپوستان، و بعد بازگشته به جهان سفیدها ... او این امتیاز را نیز دارد که تضادی غمبار را بین دو جهان بیگانه که یکدیگر را نفی می‌کنند و نمی‌توانند حتی در وجود خود او به آسانی همزیستی کنند برانگیزد.
کتاب رودهای ژرف از خاطرات خود نویسنده منشا می‌گیرد؛ از آن خاطرات قصه‌ای سر بر می‌کشد که شخصیت اصلی آن، به نوبه‌ی خود از واقعیتی شکننده، که تنها در حافظه‌ی خود او زنده است، تغذیه می‌کند. (برگرفته از توضیحات پشت جلد کتاب)

داستان با این جملات آغاز می‌شود:
"با وجود سر و وضع قدیمی و لباس‌های کهنه و کثیفش، احترام برمی‌انگیخت. افراد مهم و سرشناس کوثکو با فروتنی به او سلام می‌کردند. همیشه عصای سرطلایی در دست داشت؛ کلاه لبه‌پهنش اندک سایه‌ای بر پیشانی‌اش می‌انداخت. بیرون رفتن با او سخت بود، چون در برابر همه‌ی کلیساها و نمازخانه‌ها زانو می‌زد و به هر کشیشی که می‌رسید ریاکارانه کلاه از سر برمی‌داشت.
پدرم از او بدش می‌آمد. او در املاک پیرمرد به عنوان منشی کار کرده بود. پدرم درباره‌اش می‌گفت: "از بالای کوه، صدای لعنتی‌اش از بالای کوه داد می‌زند تا رعیت‌هایش بدانند که او در همه جا حضور دارد. میوه‌های باغستان‌هایش را انبار می‌کند و می‌گذارد بگندند؛ فکر نمی‌کند ارزش دارد آن‌ها را در کوثکو یا در آبانکای به فروش برساند، و می‌گوید برایش عزیزتر از آن‌اند که آن‌ها را برای رعیت‌هایش بگذارد. از رحمت خدا به دور است." ..."